单细胞（RNA+ATAC）测序，可实现同一个细胞核基因表达（mRNA）和染色质开放区域（ATAC）的同时检测，表观遗传学和基因表达谱相结合，单细胞水平同时获取2种分子信息可以更深入地表征复杂的细胞群，捕获细胞异质性，发现驱动细胞分化、发育以及疾病发生的基因调控相互作用，是单细胞多组学研究的有力工具

将样本制备成单细胞核悬液，加入Tn5转座酶对染色质开放区域进行剪切以取得片段化DNA，同时在DNA片段末端添加测序引物，将带有条形码的凝胶珠和单个细胞包裹在油滴中形成GEMs，凝胶珠在油滴内溶解后能够与细胞核裂解释放DNA或者DNA+RNA结合完成单细胞标记。标记完成后，每个样本生成两个互补文库（基因表达文库和ATAC文库），将基因表达和开放染色质图谱准确的链接回同一个细胞。顺利获得一个简单的流程将同一个单细胞的RNA-seq和ATAC-seq的数据相整合，取得转录图谱和染色质景观的一体化视图。

1. 采用鉴定开放染色质区域的转座酶（Tn5）进行染色质可接近性分析（ATAC-seq）以及基因表达分析（RNA-seq），将表观基因组和基因表达分析结合，加深对细胞类型和状态的鉴定；

2. 顺利获得对同一细胞进行直接检测来整合基因表达和表观基因组的数据，无需顺利获得计算机推断两者之间的关系，数据准确，同一个样本取得的信息量更大；

3. 同时鉴定调控元件及其目标基因之间的联系，发现新的基因调控相互作用；

4. 8个通道微流控系统，每个通道500-10000个细胞核，每次最多可检测80000个细胞核，16通道型号的芯片，一次可以实现16个样本同时上机检测，每个通道最高可以捕获20000个细胞；

5. 细胞核捕获率高，可达65%；

6. 样本兼容性好，经过细胞系、原代细胞、冷冻保存样本以及新鲜组织的验证。

研究目的：研究小鼠脊髓成年外胚层细胞的系谱潜力；

样本信息：小鼠脊髓成体室管膜细胞；

测序策略：10xGenomics平台，单细胞（RNA+ATAC）测序；

捕获细胞数：＞4500个细胞；

研究结论： 使用单细胞（RNA+ATAC）测序分析了小鼠室管膜细胞中少突细胞marker的染色质可及性， 评估了其分化为少突胶质细胞的潜能。结果表明，室管膜细胞具有分化成少突胶质细胞的潜能，Olig2在室管膜细胞中的表达可以特异性、诱导性的产生少突胶质细胞，室管膜来源的少突胶质细胞有助于 脊髓损伤后轴突的再髓化和轴突传导功能的改善，揭示了小鼠室管膜细胞在中枢神经系统损伤修复中的作用。

以单细胞转录组为参考预测出的ATAC细胞类型

单细胞（RNA+ATAC）取测序样：

样本取材后直接擦干，放入防爆裂的管内之后，密封拧紧后浸入液氮，保持30s-1min，之后液氮或者-80°C保存

样本保存时间：

推荐在-80℃箱保存不超过3个月，3-6个月可以尝试，>6个月可以风险尝试

单细胞（RNA+ATAC）测序上机要求：

合格后（RIN值>7）继续向下抽核，需要有3-5万干净的细胞核才可以保证1-2次上机（如果抽核以后有很多细胞碎片，需要有30万以上细胞核，才可以顺利获得流式进行碎片去除）